Banca de DEFESA: FLAVIA NORONHA PEREIRA

Uma banca de DEFESA de MESTRADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE : FLAVIA NORONHA PEREIRA
DATA : 17/06/2025
HORA: 14:00
LOCAL: Defesa Remota
TÍTULO:

Estudo das linhagens de SARS-CoV-2 circulantes na Região Amazônica e análise filogenética no Estado do Amapá

PALAVRAS-CHAVES:

Mutação; SARS-CoV-2; Filogenia.

PÁGINAS: 177
RESUMO:

A COVID-19 é uma doença potencialmente grave, causada por um beta coronavírus denominado de SARS-CoV-2 de elevada transmissibilidade, o que fez ocasionar uma pandemia. Através do sequenciamento do genoma viral é possível identificar as mutações que permitem o aparecimento de novas variantes. Neste sentido, o objetivo desta pesquisa foi avaliar a diversidade das linhagens de SARS-CoV-2 circulantes na região amazônica. Foram selecionadas sequências circulantes na região no período de março de 2020 a agosto de 2021 através do banco genético de dados públicos GISAID. As sequências selecionadas foram então alinhadas à sequência de referência NC_045512.2, obtida do NCBI. Por intermédio do software Geneious versão Prime 2021.1.1 foi realizado o alinhamento das sequências. A plataforma Pangolin permitiu identificar as linhagens as quais as sequências circulantes em cada região investigada pertenciam. Para a filogenia das sequências do estado do Amapá foi feito o alinhamento através do software MEGA versão 10.2.6 utilizando a ferramenta MUSCLE e em seguida a árvore filogenética foi construída pelo método Neighbor-Joining (NJ) com 1000 réplicas de Bootstrap. Como resultados foram identificadas no estado do Amapá, 903 mutações, sendo que 892 foram do tipo SNP e 11 mutações do tipo INDEL. No Amapá a linhagem B.1.1.33 foi a única em circulação na fase inicial até dezembro de 2020. A cepa P.2 apresentou prevalência a partir de novembro até o final de janeiro de 2021, sendo substituída por P.1 e suas sublinhagens a partir de fevereiro. Em agosto houve a introdução das sublinhagens Delta, AY.99.2 e AY.101. Na Guiana Francesa, as linhagens B.1 e B.1.1.33 foram prevalentes até maio de 2020. Em junho houve o aparecimento de B.1.219, assim como a circulação da linhagem N.2, ambos de origem do Suriname. Em dezembro houve predominância da linhagem B.1.160.25 até fevereiro, sendo suprimida por P.1. A VOC B.1.1.7 manteve-se em evidência até o mês de maio de 2021. Houve circulação da VOC B.1.351 e B.1.617.2 em junho e agosto respectivamente. A linhagem AY.43 foi prevalente em agosto, suprimindo P.1. No Amazonas as linhagens B.1.1 e B.1.195 foram prevalentes na fase inicial, sendo substituídas por B.1.1.28. Em dezembro esta linhagem é substituída pela VOC P.1. Em novembro, além da circulação da linhagem N.9, há a circulação de B.1.1.442 oriunda da Argentina e em agosto da linhagem colombiana B.1.621. Em junho a sublinhagem de P.1, denominada de P.1.4 tornou-se prevalente até o período deste estudo. No Pará, a linhagem B.1.1.28 e B.1.1.33 são prevalentes no início da pandemia e a identificação da linhagem P.1 e P.2 circulando desde maio de 2020 sugere falhas no banco de dados do GISAID. A filogenia construída através de formações de dados das linhagens de SARS-CoV-2 circulantes na região investigada, conseguiu demonstrar um pouco da dinâmica de sua circulação. Foi possível concluir que apesar de haver períodos de não depósitos de amostras no GISAID, ainda sim é possível analisar os dados existentes e sugerir que a dinâmica de dispersão das linhagens depende de uma vigilância periódica e regionalizada da circulação da cepa SARS-CoV2.

MEMBROS DA BANCA:
Externo ao Programa - 2042223 - EMERSON AUGUSTO CASTILHO MARTINS - nullInterno - ***.859.385-** - GABRIEL ARAÚJO DA SILVA - UEAP
Presidente - 2027992 - RAFAEL LIMA RESQUE